Für die Wuchsform einer verholzenden Pflanze ist das Verzeigungssystem von entscheidender Bedeutung. Im wesentlichen unterscheidet man drei Systeme: Akrotonie, Basitonie und Mesotonie.
Bei akrotoner Verzweigung wächst die jeweils letzte Knospe eines Triebes am stärksten. Die akrotone Verzweigung findet man vorwiegend an Bäumen. Die oberste Knospe des Leittriebes entwickelt sich zur Triebverlängerung und somit im weiteren Wachstum zum Stamm. Die darunter liegenden Seitenknospen entwickeln sich zu Seitentrieben und weiter zu Ästen. Diese Verzweigung setzt sich in den Ästen fort. Die letzte Knospe eines Astes fördert das Längenwachstum des Astes, die Seitenknospen bilden die Zweige.
Mit Mesotonie bezeichnet man die stärkste Förderung von Knospen im mittleren Bereich eines Triebes. Eine mesotone Verzweigung findet man überwiegend bei strauchartig wachsenden Gehölzen, denen Kronen eher breit ausladend statt hoch aufstrebend sind. Auch überhängende Formen werden durch mesotone Verzweigung hervorgerufen. Bekannte Beispiele für mesotone Verzweigung finden wir bei den Gartenformen des (unbeschnittenen) Fächer-Ahorns, Acer palmatum.
Von basitoner Verzweigung spricht man, wenn die Seitenknospen an der Basis die stärkste Förderung erfahren und so ständig neue Triebe im unteren Bereich des Gehölzes gebildet werden. Erfahren diese einzelnen Triebe nun selbst wieder eine akrotone Förderung, entstehen schlanke, hoch aufstrebende Sträucher. Deutlich wird dies beispielsweise bei der Gemeinen Hasel, Corylus avellana.
Für einen Bonsai, welcher seine besondere Erscheinung durch einen einzelnen Stamm bekommen soll, ist es einfacher, eine Pflanze mit akrotoner Verzweigung zu wählen. So gelingt die Gestaltung beispielsweise eines Moyogi noch relativ einfach.
Pflanzen mit basitoner und/oder mesotoner Verzweigung eignen sich besonders gut zur Gestaltung eines Bonsai mit einem Mehrfachstamm.