Nach neueren Erkenntnissen sind Pilze keine Pflanzen, sondern - nun ja - eben »Pilze«. Sie bilden neben Pflanzen, Tieren und Protisten ein eigenes Reich in der Domäne der Eukarya (Lebewesen mit Zellkern).
Allen Pilzen gemeinsam ist ihre heterotrophe Lebensweise, das heißt, sie sind auf die Aufnahme organischen Materials angewiesen, um ihren eigenen Stoffwechsel betreiben zu können. Im Gegensatz zu Pflanzen betreiben sie also keine Photosynthese.
Neben Pilzen leben auch alle Tiere hetreotroph. Der Aufschluß der Nahrung (Verdauung) geschieht bei Tieren in der Regel innerhalb des Körpers, bei Pilzen jedoch außerhalb. Pilze geben Enzyme in ihre direkte Umgebung ab, um pflanzliche oder tierische Substanz zu zersetzen, die Nährstoffe daraus freizusetzen und sie anschließend in ihre Zellen aufzunehmen.
Einige Pilze verwerten auf diese Weise abgestorbene organische Materie. So sind lediglich Pilze in der Lage, Lignin aus den verholzten Zellwänden von Pflanzen zu verwerten. Andere Pilze jedoch ernähren sich auch von lebendem Material und können auf diese Weise großen Schaden anrichten. So ist zum Beispiel das bekannte Ulmensterben auf einen Pilzbefall zurückzuführen.
Nun ist aber nicht jeder Pilz, welcher in unmittelbarer Nähe unserer Bonsai lebt, gleich ein potentieller Schädling: Zahlreiche Pflanzen sind mit Pilzen eine Symbiose eingegangen. Ein mikroskopisch kleiner Pilz lebt in direktem Kontakt mit den feinen Wurzeln einer Pflanze. Diese Mykorrhizapilze sind weitaus besser als Pflanzen in der Lage, Nährstoffe aus dem Boden zu lösen. So nehmen diese Pilze besonders Stickstoff und Phosphat auf und geben es an die Pflanze ab, wobei sie sich selbst von den Assimilaten der Pflanze ernähren.